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厌氧反应器中钙离子浓度过高会导致颗粒污泥钙化，降低污泥活性，影响处理效率。需采取措施防止钙盐沉淀，如增加预处理单元或设计清除钙沉淀的措施。
在厌氧反应器运行中，如果废水中钙离子的浓度较高，在颗粒污泥表面就会形成灰白色的“钙层”，长期运行下去会导致颗粒污泥成空心状，且用手触摸颗粒污泥，有小石子样的触感，这就叫做厌氧颗粒污泥钙化。颗粒污泥钙化会降低污泥的活性，从而进一步导致厌氧反应器处理效率降低。
在厌氧反应器中，钙盐沉淀可以引发严重的运行问题，因此必须防止钙盐沉淀发生或者在项目设计阶段就考虑解决的办法。一些反应器，如UASB极有可能在反应器表面和底部沉积令人烦恼的硬垢。因为钙盐沉淀形成后实际上不可能被除掉，所以为了顺利运行，防止钙盐积累是解决问题的唯一途径。
例如牛奶废水中，钙离子可以随废水进入厌氧反应器，或者通过补充碱度进入（例如用石灰）。高浓度的碳酸氢盐和磷都有利于钙的沉淀，如果在设计中未考虑定期清除硬垢的话，钙沉淀积累得太多，会导致厌氧反应器的工作容积大为减少，从而对工艺运行造成不利的影响。
如果废水中含钙离子，则需要增加预处理单元，或在设计中就考虑到清除钙沉淀的措施。在预处理段可考虑使用溶解性更好的碱性物质，如碳酸钠去除钙离子，而避免使用石灰，因为高的碱度值有利于钙离子的沉淀，石灰投加后，在废水中所增加的有效碱度不及投加碳酸钠明显，所以避免使用石灰。
