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1、水质净化能力
不同的水生植物，水质净化的功效也不同。因此，在工程中要充分考虑水生植物对氮及磷的去除能力、对水的耐污能力等因素，结合工程区域的水质现状进行合理选择。比如金鱼藻、微齿眼子菜、苦草等水生植物具有抑制藻类生长的效果，伊乐藻和菹草总磷的去除能力要优于微齿眼子菜和狐尾藻。
2、区域环境适应能力
不同水生植物适应的气温、水深、光照等条件不同，因此必须选择适应工程区域环境现状的水生植物。尽可能使用当地及附近的水生植物品种，这样有利于植物的良好生长，建立一个稳定的生态系统。比如沉水植物只适应透明度高的水体，富营养化的水体通常悬浮物较多，会严重影响沉水植物进行正常的光合作用。耐寒的水生植物比如西伯利亚鸢尾、灯心草等， 在南方地区高温、长日照的季节中，通常生长缓慢甚至出现叶片泛黄现象。热带睡莲、纸莎草、大薸等只能在南方热带地区生长，在北方则无法过冬。
3、便于管理
水生植物在河道水体的应用，不仅要考虑成活率是否高，更要考虑后期对于管理要求的低，以更好地符合设计意图、更少的资金投入和更低的维护管理费用为宜。水生植物管理的难易程度，主要与所选的植物种类有关。选择不会蔓生或不会自动播种的植物品种，会减少维护管理成本。那些能保持一定的生长秩序和状态的水生植物品种更易于管理。在选择水生植物时，还要考虑河道的环境特点及景观需求。比如在通风地带，要避免种植易倒伏的品种。低矮、粗壮的植物品种抗风能力强。比如水葱对环境适应性强，但其茎秆易折断，长势太密或遇大风易倒伏，在设计中应注意。
4、不同季节的品种搭配
不同的水生植物品种会给河道水体带来不同的净化效果和景观色彩，通过选择在不同季节生长的水生植物品种以及冷季和暖季水生植物品种的搭配，维持河道生态修复效果和水景的动人色彩。比如灯心草是全年常绿或半常绿少有的品种之一，耐寒性极强，在长江流域的春、 秋季为旺盛生长时间，冬、夏季仍能保持整株全绿或半绿，是填补冬季景观效果和提高冬季净化水质能力的优先选用品种之一。菹草适宜生长温度为10℃～25℃，高温下进入休眠，在水体生态修复和净化应用中，常作为沉水类冬季优势物种来选用。
5、生态平衡
不同水生植物品种之间的搭配比例，会直接影响河道水体生态系统能否成功创建并稳定地运行。根据环境条件和水生植物自身条件进行品种的选择和比例搭配，在时间和空间上进行植物布置， 充分发挥水生植物品种间的互补搭配，对光照、营养和空间形成竞争优势，使整个生态系统高效运转。比如在某些河道的生态修复工程中，飘浮植物和挺水植物可以作为先锋植物，为沉水植物的生长创造条件。外来物种往往会破坏区域生态平衡，需要谨慎用。比如凤眼莲、 喜旱莲子草等。
